Latar belakang keturunannya yang memiliki hubungan "darah-nasab" akademis dengan Sunan Gunung Jati dari Jawa Barat juga menjadi bagian penting dari sejarah keluarganya.

Wafatnya Syaikhona Kholil di Martajasah Bangkalan pada Kamis, 29 Ramadhan 1343 H atau 23 April 1925 M, tidak menghalangi umat Islam dari berbagai penjuru Indonesia untuk terus ziarah ke makamnya.

Baca Juga:Polsek Sreseh Bersama Tim Gugus Covid - 19 Lakukan KRYD Penyekatan di Perbatasan Bangkalan

Di pesarean Mbah Kholil, yang berada di sisi kanan masjid, mereka bertawasul dan berdoa, mengenang jasa-jasa dan ilmu yang telah beliau wariskan.***